1 Ocak 2021 Cuma

COVID19 Yatkınlık Testi, IRF7, TLR3

    Geçirdiğimiz Pandemi süresi boyunca şunu gördük ki, tüm insanlık COVID19 ile ilgili büyük bir bilinmezlik içerisinde. COVID19'un spesifik bir tedavisi henüz bulunmamaktadır. Yapılan tedaviler destek türünde insan bağışıklık sistemini destekleme amacı içindedir. Gördük ki uygulanan tüm tedavi kılavuzları ilk günden bu yana önemli ölçülerde değişmiştir. Ancak hala virüse karşı spesifik bir tedavi mevcut değildir. Geliştirilen aşıların fayda sağlayacağını düşünsek bile hangi aşı olursa olsun hastalığı geçirmeyeceğimizin garantisini vermemektedir. Elimizdeki en büyük silahlar hala maske, sosyal mesafe ve hijyendir. 

    Gelelim yapılan çalışmalar sonucu geliştirilmiş olan COVID19 yatkınlık testlerine. Hastalığa yakalanma ihtimali, hastalığı geçirme şiddeti kişiden kişiye değişmektedir. Bir kısmımız yaşımız ve hastalıklarımızdan bağımsız olarak bu hastalığı ağır geçirirken bir kısmımız hastalığı geçirdiğimizin farkına bile varmamaktayız. Belki de bir kısım insan virüse maruz kaldığı halde bağışıklık sistemi virüsü vücuduna almamaktadır. Tüm bu çeşitliliğin altında yatan temel neden genetik yapımızın birbirimizden farklı olmasıdır. Bu öyle bir çeşitliliktir ki, o kadar çok genetik yapı alternatifi vardır ki, tüm dünya nüfusu kadar çeşitlilikten bahsetmemiz yanlış olmaz. Yapılan bazı çalışmalarda TLR3 ve IRF7 genlerindeki varyantların hastalığın şiddetini değiştirdiğini göstermiştir. Bu araştırmalar uzun vadede yüz güldürücü, takip edilmesi ve geliştirilmesi gereken çalışmalardır. Ancak günümüzde bu ve benzeri genlerdeki değişiklikleri saptayarak bu testleri rutinde kullanarak COVID19 riskini belirlemek çok doğru bir yaklaşım değildir. Çünkü bu hastalık poligenik multifaktöriyel bir seyir gösterir. Sayısı sınırlı varyantları bir araya getirip yorum yapar isek bilmediğimiz varyant bilgilerinin, hastanın tüm diğer özelliklerinin altında ezilip kalabiliriz. Bu test sonucunda düşük risk saptandığında (ki bilmediğimiz binlerce hatta milyonlarca özellik nedeniyle bunun kesin olarak saptanması şuan için mümkün değildir.) kişi yalancı bir rahatlama ile COVID19'dan kendini korumayabilir, hatta başkalarına bulaşa neden olabilir. Ya da tam tersi bir durumda bilinen varyantlara bağlı riskli bir durum tespit edildiğinde bu gerçek bir risk olmayabilir. Çünkü belkide kişinin diğer bağışıklık genlerinde koruyucu varyantlar mevcuttur ve bu kişi belki de hastalığı ılımlı geçirecektir. Bu durumda yine kişiyi yanlış bir kaygı içine sokup, halihazırda zor olan pandemi yaşantısının daha dayanılmaz hale gelmesine neden olunabilinir. Elbetteki bildiğimiz genetik bağışıklık hastalıkları ve mutasyonları mevcuttur. Bu hastalar tüm diğer viral enfeksiyonları ağır geçirme eğilimindedirler. Ancak bu hastalar COVID19 dışında başka bulgular veren ve tanısı pandemiden bağımsız olarak koyulabilinecek kişilerdir. 

    Bağışıklık sisteminiz ile ilgili bir sıkıntı yaşamıyorsanız yani bu nedenle her hangi bir sağlık kuruluşuna başvurmadı iseniz ve doktorunuz önermediyse COVID19 yatkınlık testini yaptırmaya gerek yoktur. Şunu çok iyi bilin, "Gereksiz Test Zarar Verir!!!!" Konuyla ilgili ayrıntılı bilgi için Tıbbi Genetik Uzman Hekimlerinden faydalanınız.


Coronavirus

"coronavirus-covid-19" by Nursing Schools Near Me is licensed under CC BY 2.0


8 Kasım 2020 Pazar

COVID19 Genetik Testleri

Real- Time PCR: 

    COVID-19 taraması için ilk tercih edilen test yöntemi revers transkripsiyon–polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile viral nükleik asit tayinidir (Li et al. 2020). RNA eldesi üst solunum yolları (orofarinks ve nazofarinks) sürüntülerinden yapılabileceği gibi bronkoalveolar lavaj ve balgam gibi alt solunum yolu örnekleri de RNA eldesi için kullanılabilir. Nazofarinksten alınan örneklerin orofarinksten alınan örneklere göre iki kat daha iyi sonuç verdiği görülmüştür.(W. Wang et al. 2020) Her iki örneğin alınması durumunda, örneklerin ortak bir tüpte birleştirilmesi önerilmekte; en iyi sonucun hem alt hem de üst solunum yollarının ortak test edilmesiyle elde edileceği bilinmektedir.(Loeffelholz and Tang 2020). SARS-CoV2 RNA’sı dışkı, idrar ve kan örneklerinden de izole edilebilmiştir ancak bu örnekler solunum örneklerinden daha az güvenilirdir. Üst solunum yolu örneklerinin semptomların başlangıcından itibaren birkaç gün içinde toplanması önerilmektedir (Loeffelholz and Tang 2020). Virüsün üst solunum yollarında ilk hafta sonunda, daha ağır vakalarda alt solunum yollarında 3 ve 4. haftaların sonunda pik yaptığı bildirilmiştir. (Loeffelholz and Tang 2020) RT -PCR testinin SARS-CoV2 dışında çapraz reaksiyonla başka bir virüsü tespit etmediği bilinmektedir ve bu nedenle özgünlüğü oldukça yüksek bir testtir. Duyarlılığı için kesin bir oran verilememekle birlikte ortalama %63-78 arasında değiştiği bildirilmiştir (Zitek 2020). Viral yükün az olması ya da yer değiştirmesi, yanlış örnekleme, erken ya da geç örnek alımı, testten önce antiviral kullanımı, transport hatası, ortamda PCR inhibitörlerinin varlığı, viral genetik mutasyon gibi nedenlerle yanlış negatiflikler sık görülmektedir. Testin negatif çıkması durumunda aralıklarla tekrarlanması testin duyarlılığını arttırmak için önerilmektedir (Loeffelholz and Tang 2020)(Zitek 2020)(Fang et al. 2020)(Hong et al. 2020). Hastaların klinik bulgularının RT-PCR sonuçlarıyla birlikte değerlendirilmesi büyük öneme sahiptir. Örneğin; pandeminin başladığı şehir olan Wuhan’da yapılan 4880 vakalık bir çalışmada RT-PCR’nin tanı yüzdesinin ateş bulgusu varlığında %19 oranında yükseldiği, ayrıca ileri yaş ve erkek vakalarda testin tanısal değerinin arttığı bildirilmiştir (Liu et al. 2020). Yine Çin’de yapılan 82 vakalık klinik bir gözlemde, bilgisayarlı tomografi (BT) ile birlikte değerlendirildiğinde RT-PCR’nin duyarlılığının %79’dan %94’e yükseldiği tespit edilmiş olup bu durum akciğer tutulumunun varlığının diğer klinik bulgular gibi RT-PCR’de yanlış negatiflik oranlarını düşürdüğünü göstermektedir (He et al. 2020). RT-PCR, kısıtlılıklara rağmen COVID-19 enfeksiyonlarının doğrulanmasında uygulanan altın standart bir yöntemdir (Loeffelholz and Tang 2020). Virüse ait RNA’nın hedeflenen bölgelerinde yer alan nükleotid dizilerinin amplifikasyonunun gerçek zamanlı olarak floresan boyalarla görünür hale gelmesini sağlar (Kubista et al. 2006). Hedef bölge olarak sıklıkla S (spike) ve N (nükleokapsit) genleri ve yapısal olmayan RdRp (RNA-dependent RNA polymerase) ve ORF 1a/b (replicase open reading frame) genleri evrimsel süreçte korunmuş, eksprese olan ve çapraz reaksiyona en az giren genler oldukları için kullanılmaktadırlar (Chan et al. 2015)(Lu et al. 2020). SARS-COV2’ye ait RdRp/Hel bölgesinin tanısal değeri RdRp-P2 bölgesiyle karşılaştırıldığında duyarlılığının ve özgünlüğünün daha yüksek olduğu saptanmıştır (Chan et al. 2020). Farklı test kitlerinde çeşitli sayıda farklı gen bölgeleri kullanılmakta ve bu gen bölgelerine uygun RT-PCR protokolleri uygulanmaktadır. Örnek eldesi ve taşınmasında uluslararası viral transport mediumları kullanılabileceği gibi kite özgü viral nükleik asit tamponları da kullanılabilmektedir. Alınan örnekler tercihen 4 ℃’de ve en kısa sürede laboratuvara ulaştırılmalıdır (Hong et al. 2020). PCR sonunda değerlendirilebilir hale gelen hedef genlerin eşik döngü değerinin (Threshold cycle/ Ct) sınır değerin altında olması viral nükleik asit varlığının göstergesi olup pozitif sonuç anlamına gelmektedir. Test ortalama birkaç saat içinde sonuçlanmaktadır (Hong et al. 2020). Reaktif reaksiyon koşulları, analiz edilen gen sayısı analizin hassasiyetini etkileyebilmektedir. PCR koşullarının laboratuvar tarafından optimizasyonu önemlidir. Klinik laboratuvarın rutin çalışmada, onaylanmış negatif ve pozitif numuneleri kullanarak kalite kontrolü yapması gereklidir (H. Wang et al. 2020). Tüm bunların dışında testi yapılan patojen, bir RNA virüsüdür ve RNA, stabilitesi düşük, hücre yıkımından sonra birçok enzim tarafından kolayca yıkılabilen, kontaminasyon riski yüksek bir moleküldür. Ayrıca RNA virüslerinin mutasyona yatkınlığının yüksek oranda olduğu da bilinmektedir. Dolayısıyla; testin özgünlüğünü yüksek oranda etkileyebilecek bir diğer neden de test çalışmasının bir RNA virüsü üzerinde yapılmasıdır (H. Wang et al. 2020). Sonuç olarak; real-Time PCR, COVID19 tanısında ilk başvurulan test olmasına rağmen, yanlış negatiflik oranları nedeniyle izolasyon ve tedavi kararı verilirken tek başına değerlendirilmemelidir. Hasta multidisipliner bir yaklaşımla ele alınmalı; klinik bulgular, akciğer BT vb. diğer tüm verilerle birlikte değerlendirilmelidir (Tahamtan and Ardebili 2020). 

Dizi Analizi: 

    Virüs genomu 26-32 kb arasında değişmekte olup, 14 ORFs (open reading frames) bölgesi içermektedir ve 26 protein kodlamaktadır. Spike yüzey glikoproteini (S), zarf proteini (E), matriks proteini (M), nukleokapsid proteini (N) temel proteinleridir (H. Wang et al. 2020). Virüse ait genom bilgisinin dizilenmesi ile daha önce bilinen SARS-CoV (%79) ve MERS-CoV (%50) benzerliği ortaya konmuştur. SARS-CoV2’nin ORF1a ve S genindeki farklılıklar dışında SARS-CoV’a yüksek oranda homoloji gösterdiği görülmüştür. Filogenetik çalışmalarda değerlendirilen RNA dizisi virüsün Beta-coronavirüs ailesine ait olduğu bildirilmiştir.(Xu et al. 2020) Böylelikle virüsün kaynağı, evrimi, kullandığı mekanizmalar, bulaş yolları, tedavi gibi birçok bilgi hakkında öngörüde bulunulabilmiştir. Spike proteinini kodlayan S genindeki benzerlik ve farklılıklar virusun insan ACE2 reseptörlerine bağlanması ve insandan insana bulaşı hakkında önemli ipuçları vermiştir. SARS-CoV2’nin atasının yarasa korona virüsü HKU9-1 (%87) olduğu tespit edilmiştir.(Xu et al. 2020)(H. Wang et al. 2020) Elde edilen dizinin protein modelleme çalışmaları yapılarak S proteinin ACE2 reseptörlerine yüksek oranda afinite gösterdiği bildirilmiştir.(Xu et al. 2020) İnsandan insana bulaşma dinamikleri, bağışıklık yanıtı, viral replikasyon hızı ve virüs mutasyon hızı gibi verilerin eldesi virüs genomunun tespiti ile sağlanmıştır (Xu et al. 2020)(H. Wang et al. 2020). Yapılan başka bir çalışmada dünyanın farklı ülkelerinden elde edilen 10 adet SARS-CoV2 dizisi karşılaştırılmış; M ve N proteinlerini kodlayan dizilerde herhangi bir farklılık gözlenmemiştir. S protein dizisinde iki aminoasit varyantı, bir örnekte ise E proteininde bir adet mutasyon, ORF1ab ve ORF8 bölgelerinde ise iki olası SNP (single nükleotid polimorfizm) saptanmıştır.(Chang et al. 2020) Virüsün RNA dizisine ait benzeri çalışmalar, pandeminin seyri, hastalığın profilaksisi ve tedavisi açısından oldukça değerlidir (Chang et al. 2020). SARS-CoV2’nin genom dizilenmesi virüse karşı geliştirilebilecek aşı teknolojilerinin de önünü açmıştır. Özellikle DNA ve mRNA üzerinde diğer viral patojenlerle ilgili yapılmış aşı çalışmaları SARS-CoV2 çalışmalarının önünü açmıştır.(Prompetchara, Ketloy, and Palaga 2020) ACE-Fc proteinin dizisinin tedavi için yapılacak çalışmalarda aday gen olduğu bildirilmiştir (Prompetchara et al. 2020) (Schweickert et al. 2009)(Kruse 2020).

DÜNYA PANDEMİ YAŞIYOR


15 Temmuz 2020 Çarşamba

Prematür Ovarian Yetmezlik, Erken Menopoz

Prematür Ovarian Yetmezlik (Erken Menopoz)

    Genetik nedenlerin ağırlıklı olduğu bir durumdur. Prematür ovarian yetmezliklere (POF, POY) en sık sebep olan genetik neden Turner sendromudur. X kromozomunun bir eksik olması durumudur. Tüm vücut hücrelerinde eksik olabileceği gibi mozaik olarak yani kısmi eksiklikler de söz konusu olabilir. Klasik tip turner sendromunda genellikle folikül rezervi görülmediğinden doğurganlık hiçbir şekilde söz konusu olmaz. Mozaik turner sendromlu hastalarda foliküler kayıp doğum öncesi dönemde gerçekleşmeye başlar bu kişiler adet görüp çocuk sahibi de olabilirler ancak erken yaşta foliküler yetersizlikten dolayı doğurganlık ortadan kalkabilir, erken menopoza girebilirler. Mozaik turner sendromunda prematüre ovarian yetmezlik insidansı yükselmiştir. Menstruel düzenleri normal ancak düşük kan AMH seviyelerine sahip olabilirler. Mozaik turner yüzdesi ve fenotipi çok değişken bir durumdur. Hiçbir bulgu göstermeyebilir. Mozaik turnerdaki en kritik durum mozaik turner olan annenin gonadlarındaki X kromozom eksikliği riski nedeniyle klasik tip turner sendromlu çocuk dünyaya getirme riskidir. X kromozomunu tutan delesyonlar, inversiyonlar, duplikasyonlar, translokasyonlar da prematüre ovarian yetmezlik nedeni olabilir. X kromozomunda lokalize olan DIAPH2 geni, XPNPEP2 geni, DACH2 geni, POF1B geni ve CHM geni ovarian yetmezlikler açısından kritik bölgelerdir. 

Erken Menopoz
Erken Menopoz

    POY’a neden olan 2. Sıradaki genetik neden FMR1 geni mutasyonu ile oluşan Fragile X sendromudur. Bu sendromda FMR1 geni 5’ ucunda CGG trinükleotidlerinin tekrarı sayısal olarak artmıştır. 200’ün üzerindeki tekrarlarda frajil X sendromu görülür Hastalık mental retardasyonla seyreder. 60-199 arası trinükleotid tekrarı olan kişilerde klinik olarak tam fragile X mental retardasyon tablosu görülmez ve bu duruma premutasyon adı verilir. Kadınlarda genellikle taşıyıcılık şeklinde görülen bir durum olup taşıyıcı kadınların erkek çocuklarına %50 oranında hastalık şeklinde aktarılır. Frajil X sendromu mutasyonunu ya da premutasyonunu taşıyan kadınlarda POY görülme sıklığı artmıştır. Özellikle POY başlangıcı ile başvuran ve gebelik isteyen kadınlar bu sendrom açısından araştırılmalılardır ki olası gebelikte hasta bir bebek dünyaya gelmesin. Premutasyon taşıyıcılarında %20 oranında POY ile karşılaşılırken, POY ile başvuran olguların %2-15’inde premutasyon taşıyıcılığı saptanmıştır. 

      POY’a neden olan bir diğer genetik neden Galaktozemi hastalığı ya da taşıyıcılığıdır. Bu durum galaktoz 1 fosfat üridil transferaz geninin (GALT) mutasyonuna bağlı olarak ortaya çıkar. Otozomal resesif kalıtımlı metabolik bir hastalıktır. 

       BMP 15 geni, FOXL2 geni ATM geni, STAR geni, EIFB2 geni, POLG geni mutasyonları da prematüre ovarian yetmezliklere neden olabilmektedir.

    Tüm bu nedenlerin bir kısmında gebelik ihtimali arttırılabilirken,  bir kısmında sadece kadının erken menopoza bağlı kalp ve kemik sağlığını korumaya dayalı tedaviler uygulanabilmektedir. 

13 Temmuz 2020 Pazartesi

Genetik

Genetik (kalıtım bilimi) canlılardaki kalıtım ve çeşitliliği inceleyen bir bilim dalıdır. "Genetik" sözcüğünün kökeni ise Yunanca γένεσις - genesis (köken) sözcüğüne dayanır. Kalıtımın aktarım mekanizmalarını çalışan modern genetik 19. yüzyılın ortalarında Gregor Mendel ile başlamıştır. 

Genetik Kod - Çevre
Genetik Kod - Çevre

     Tüm canlılar aynı türden olsalar bile birbirlerinden farklılıklar gösterirler buna çeşitlilik yani varyabilite denir. Genetik Biliminin temel amacı canlılar arasındaki bu çeşitliliği araştırmaktır. Tüm canlılar aynı zamanda birbirleriyle benzerlik de gösterirler. Her canlı atasına benzer. Genetik Bilimin ikincil görevi atalar ve döller arasındaki bu benzerlikleri araştırmaktır. Darwin canlıların çeşitliliği, Mendel ise canlıların benzerliği ile ilgilenen il bilim insanlarıdır.
Genler DNA'nın belli bölgelerine karşılık gelen kalıtım birimleridir. DNA çift zincir bir moleküldür. Bu zincir üzerindeki nükleotitlerin dizisi, canlıların genetik bilgisidir. DNA, iki zincirli bir yapıya sahiptir. Sonraki kuşağa her iki ebeveyne ait birer DNA zinciri kalıtılır. Böylelikle yavrular anne babalarına benzerler ancak anne babalarından farklılıklar da gösterirler. Genetiğin temel görevi benzerlik ve farklılıkların oluşumunun ve aktarılmasının aydınlatılmasıdır. Böylelikle birçok canlı üzerinde açıklanacak olan genetik bilgilerle hastalıkların tanısı, tedavisi, bitki ve hayvanların ıslahı, evrim ve çevreye adaptasyon gibi birçok konu açığa kavuşturulabilinecektir.

            DNA,

1.     Genetik bilgiyi içerir. (Genetik kod)
2.     Kendi kendini sentezler. (Replikasyon)
3.     Protein sentezi
DNA tüm bu üç görevi sayesinde canlıların yaşamının ve soyunun devamını farklılıkları ve benzerlikleri sağlar.
Genetik kodumuz çevreyle etkileşim halindedir. Çevreye olan tepki yine genotip kontrolündedir. Genotip canlının çevre koşullarına reaksiyon yeteneğini ifade eder. Buna “reaksiyon normu” adı verilir. 
Reaksiyon normu üzerindeki araştırmalar, aynı genotipteki farklı çevrelerde büyüyen canlılar ve farklı genotipteki aynı çevre koşullarında büyüyen canlılar arasında araştırılır.
            Genotip ve fenotip birbirinden bağımsız olmayan kavramlardır. Evrimin temelini oluşturan bu kavramlar canlılığın adaptasyonunu ve devamını sağlar.


8 Temmuz 2020 Çarşamba

Tıbbi Genetik Uzmanına Nasıl Ulaşırım? Tıbbi Genetik Uzmanından Randevu Alma. Genetik Test Nasıl Yaptırırım?

Tıbbi Genetik Uzmanı
Tıbbi Genetik Uzmanı     

     Tıbbi Genetik Uzmanı'na yönlendirildiyseniz ya da ulaşmak istiyorsanız ilk etapta mutlaka devletin sağladığı uzmanlarla görüşmeniz sağlık güvencenizi kullanabilmeniz açısından sizin için daha faydalı olacaktır. Çünkü genetik testler maddi anlamda pahalı testlerdir. Hem gereksiz testlerden kaçınmak hem de sosyal güvencenizin sağlayacağı imkanlara ulaşabilmeniz için sağlık bakanlığına bağlı olarak çalışan Tıbbi Genetik Uzmanları'na ulaşmanız sizin için en doğru yol olacaktır. Bunun için https://www.mhrs.gov.tr adresinden giriş yapabilirsiniz ya da telefonla 182'yi arayarak merkezi randevu sisteminden kendinize en yakın Tıbbi Genetik Uzmanından randevu alabilirsiniz. 
     Hekiminize giderken yanınıza şimdiye kadar yapılmış olan tetkiklerinizi almayı unutmayınız. Gebelikle ilgili bir başvuru söz konusu ise randevunuza eşinizle birlikte gitmekte fayda var. Her iki eşten istenecek tetkik ya da muayene söz konusu olabilir. Genetik, tüm aileyi etkileyen bir bilim olduğu için hekiminiz gerek gördüğü durumlarda ailenin diğer fertlerini görmek isteyebilir. 

11 Mayıs 2020 Pazartesi

COVİD19, Coronavirüs, Genetik Testi, Real Time PCR

    Corona virüs pandemisi multidisipliner çalışmayı gerektiren tıbbi bir acildir. Tüm yoğun bakım üniteleri, yataklı servisler, radyolojik görüntüleme, laboratuvarlar ortak bir payda içinde hastalara hizmet vermek durumundadırlar. Bu disiplinlerin bir kolu virüsün kişideki varlığının direkt ya da dolaylı yollarla tespit eden laboratuvar testleridir. Bu testler, dolaylı yollardan vücudumuzun virüse karşı ürettiği antikorların saptanması şeklinde olabileceği gibi, direkt olarak virüse ait antijen ya da genetik materyalin tespiti ile de mümkündür. COVID19 için en çok uygulanan testler virüsün RNA'sının tespiti için yapılan genetik testlerdir. Real Time PCR yöntemi ile COVID19'a ait RNA'nın değişmeyen sabit bölgeleri floresan ışıklı boyalarla görünür hale getirilir. Bu işlem COVID19'a ait bu bölgelerin anahtar-kilit sistemi ile tespit edilip qPCR dediğimiz revers transkripsiyon ile çoğaltılması temeline dayanır. Virüse ait bölgeler çoğaltıldıkça floresan ışımaları kapiller elektroforez ile okunur hale gelir. Real time PCR tabanlı çeşitli programlarla bu ifadeler yorumlanabilir istatistiki ve logaritmik birimler halini alır. Biz eğer COVID19'a ait RNA bölgelerini hata payı en az olacak şekilde görebiliyor isek çalışılan numune COVID19 açısından Pozitif'tir. Diğer bir ifadeyle numunenin ait olduğu kişide COVID19 saptanmıştır. Virüsün tutunup çoğaldığı bölgeler solunum yolları olduğundan testorofarinks, nazofarinks, bronkoalveolar lavaj ve balgam gibi solunum yolu örneklerinden çalışılır. Klinik açıdan hasta COVID19 ile uyumluysa test sonucunun pozitif çıkması beklenir. Ancak testin sensitivitesinin hassas, virüs yüküne bağlı olması ve hastalığın seyri boyunca farklı dokularda yer alma eğiliminin olması nedeniyle sonuç negatif çıkabilir. Bu durumda hasta yakından takip edilerek testin belli aralıklarla tekrarlanması gerekir. Hastaya bu süre içinde COVID19 pozitif olarak davranmak gerekir. Aşağıda RT-PCR ile elde ettiğimiz COVID19 pozitif ve negatif test sonuçları yer almaktadır. Yeşil ile ifade edilen eğri insan epitel hücrelerine ait genetik bölgeyi turuncu ve mavi ile ifade edilen eğriler ise COVİD19'u temsil eden RNA bölgelerini ifade etmektedir. 
COVID19 NEGATİF
COVID19 NEGATİF





COVID19 POZİTİF
COVID19 POZİTİF

15 Mart 2020 Pazar

HIV Enfeksiyonunda Genetik, AIDS


HIV (Human Immunodeficiency Virus / İnsan Bağışıklık Yetmezliği Virüsü), AIDS (Acquired Immune Deficiency Syndrome, Sonradan Edinilen Bağışıklık Sistemi Yetersizliği Sendromu) 'e yol açan virüstür.

HIV

HIV

     HIV, CD4 ligandı olan hücrelere girerek çoğalır ve hücreye zarar verir. CD4 ligandı olan hücreler insanlarda yardımcı T lenfositlerdir (Th: Thelper). Bu hücreler bağışıklık sisteminde hücresel immünitede görevlidirler. Dolayısıyla HIV enfeksiyonu Th hücreleri yok ederek bağışıklık sistemini çökertir, diğer tüm enfeksiyonlara kişiyi açık hale getirir, AIDS dediğimiz klinik ile hastayı ölüme kadar götürebilir. Kan ve cinsel yolla bulaş olur. Virüsün bulaştığı kişi ya taşıyıcı olarak hayatına bulgu olmadan devam edebilir ancak bulaştırıcıdır ya da hastalığı ortaya çıkarabilir. Kullanılan ilaçlar HIV'in üremek için ihtiyaç duyduğu enzimlere saldırır. Revers transkriptaz ve proteaz, ilaçlar tarafından durdurulur. Yeni bir tedavi olanağı ise füzyon engelleyicilerdir. HIV'in hücrelere girmesine engel olur.
     Milyonlarca insan her yıl HIV’e maruz kalmaktadır, ancak hepsi virüsü almaz, bu da HIV-1 alımında konak genetiğinin potansiyel bir rolü olduğunu gösterir.
HIV alımının polijenik ve kalıtsal olduğunu ispatlayan birçok çalışma mevcuttur. Yapılan çalışmalarda kalıtsallık oranının %28-42 olduğu ve EFHC14 geninin HIV edinimi için yeni bir duyarlılık geni olarak tanımladı. Ayrıca HIV edinimi için duyarlılık varyantlarının T hücrelerinde değil, aynı zamanda striatal ve hipokampal nöronlarda eksprese edilen genler için de önemli ölçüde eksprese olduğu gözlemlenmiştir. HIV edinimi için genetik riskin CXCL17 geni ile ilişkili olduğu tespit edilmiştir.
     HIV ile enfekte olunduktan sonra virüsün vücuttaki davranışı yine bireyin genetik yapısıyla ilişkilidir. CNOT1, CNO10, CNOT11 genlerinin farelerde hasara uğratılmasıyla virüsün hücre içine girişinin ve çoğalmasının önüne geçildiği dolayısıyla Th hücrelerin korunduğuna yönelik çalışmalar mevcuttur.
     Ayrıca IRF7 geninin HIV alımından korunmaya katkıda bulunduğu ispatlanmıştır. Tüm burada geçen ya da geçmeyen genetik farklılıklar, tedavide, aşı gelişiminde rol alan oldukça önemli değişiklikler ve yolaklardır.


     Virüs tek sarmallı RNA’ya sahiptir. RNA ‘yı çevreleyen p24 proteinden oluşan kapsit ve dışında zarftan oluşur. Zarfta antijenik yapyı oluşturan glikoproteinler bulunur.Virüsün glikoproteinleri aşağıdaki gibidir: gp160: Proteaz enzimi ile alt üniteleri olan gp120 ve gp41'e bölünür. gp41: HIV'in hücreye girmesini sağlar. gp120: HIV'in DNA'ya tutunmasını sağlar. LEDGF: HIV'in replikasyonunu sağlar.


COVID19 Yatkınlık Testi, IRF7, TLR3