COVID19 Yatkınlık Testi, IRF7, TLR3

    Geçirdiğimiz Pandemi süresi boyunca şunu gördük ki, tüm insanlık COVID19 ile ilgili büyük bir bilinmezlik içerisinde. COVID19'un spesifik bir tedavisi henüz bulunmamaktadır. Yapılan tedaviler destek türünde insan bağışıklık sistemini destekleme amacı içindedir. Gördük ki uygulanan tüm tedavi kılavuzları ilk günden bu yana önemli ölçülerde değişmiştir. Ancak hala virüse karşı spesifik bir tedavi mevcut değildir. Geliştirilen aşıların fayda sağlayacağını düşünsek bile hangi aşı olursa olsun hastalığı geçirmeyeceğimizin garantisini vermemektedir. Elimizdeki en büyük silahlar hala maske, sosyal mesafe ve hijyendir. 

    Gelelim yapılan çalışmalar sonucu geliştirilmiş olan COVID19 yatkınlık testlerine. Hastalığa yakalanma ihtimali, hastalığı geçirme şiddeti kişiden kişiye değişmektedir. Bir kısmımız yaşımız ve hastalıklarımızdan bağımsız olarak bu hastalığı ağır geçirirken bir kısmımız hastalığı geçirdiğimizin farkına bile varmamaktayız. Belki de bir kısım insan virüse maruz kaldığı halde bağışıklık sistemi virüsü vücuduna almamaktadır. Tüm bu çeşitliliğin altında yatan temel neden genetik yapımızın birbirimizden farklı olmasıdır. Bu öyle bir çeşitliliktir ki, o kadar çok genetik yapı alternatifi vardır ki, tüm dünya nüfusu kadar çeşitlilikten bahsetmemiz yanlış olmaz. Yapılan bazı çalışmalarda TLR3 ve IRF7 genlerindeki varyantların hastalığın şiddetini değiştirdiğini göstermiştir. Bu araştırmalar uzun vadede yüz güldürücü, takip edilmesi ve geliştirilmesi gereken çalışmalardır. Ancak günümüzde bu ve benzeri genlerdeki değişiklikleri saptayarak bu testleri rutinde kullanarak COVID19 riskini belirlemek çok doğru bir yaklaşım değildir. Çünkü bu hastalık poligenik multifaktöriyel bir seyir gösterir. Sayısı sınırlı varyantları bir araya getirip yorum yapar isek bilmediğimiz varyant bilgilerinin, hastanın tüm diğer özelliklerinin altında ezilip kalabiliriz. Bu test sonucunda düşük risk saptandığında (ki bilmediğimiz binlerce hatta milyonlarca özellik nedeniyle bunun kesin olarak saptanması şuan için mümkün değildir.) kişi yalancı bir rahatlama ile COVID19'dan kendini korumayabilir, hatta başkalarına bulaşa neden olabilir. Ya da tam tersi bir durumda bilinen varyantlara bağlı riskli bir durum tespit edildiğinde bu gerçek bir risk olmayabilir. Çünkü belkide kişinin diğer bağışıklık genlerinde koruyucu varyantlar mevcuttur ve bu kişi belki de hastalığı ılımlı geçirecektir. Bu durumda yine kişiyi yanlış bir kaygı içine sokup, halihazırda zor olan pandemi yaşantısının daha dayanılmaz hale gelmesine neden olunabilinir. Elbetteki bildiğimiz genetik bağışıklık hastalıkları ve mutasyonları mevcuttur. Bu hastalar tüm diğer viral enfeksiyonları ağır geçirme eğilimindedirler. Ancak bu hastalar COVID19 dışında başka bulgular veren ve tanısı pandemiden bağımsız olarak koyulabilinecek kişilerdir. 

    Bağışıklık sisteminiz ile ilgili bir sıkıntı yaşamıyorsanız yani bu nedenle her hangi bir sağlık kuruluşuna başvurmadı iseniz ve doktorunuz önermediyse COVID19 yatkınlık testini yaptırmaya gerek yoktur. Şunu çok iyi bilin, "Gereksiz Test Zarar Verir!!!!" Konuyla ilgili ayrıntılı bilgi için Tıbbi Genetik Uzman Hekimlerinden faydalanınız.

Coronavirus

"coronavirus-covid-19" by Nursing Schools Near Me is licensed under CC BY 2.0

COVID19 Genetik Testleri

Real- Time PCR: 

    COVID-19 taraması için ilk tercih edilen test yöntemi revers transkripsiyon–polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile viral nükleik asit tayinidir (Li et al. 2020). RNA eldesi üst solunum yolları (orofarinks ve nazofarinks) sürüntülerinden yapılabileceği gibi bronkoalveolar lavaj ve balgam gibi alt solunum yolu örnekleri de RNA eldesi için kullanılabilir. Nazofarinksten alınan örneklerin orofarinksten alınan örneklere göre iki kat daha iyi sonuç verdiği görülmüştür.(W. Wang et al. 2020) Her iki örneğin alınması durumunda, örneklerin ortak bir tüpte birleştirilmesi önerilmekte; en iyi sonucun hem alt hem de üst solunum yollarının ortak test edilmesiyle elde edileceği bilinmektedir.(Loeffelholz and Tang 2020). SARS-CoV2 RNA’sı dışkı, idrar ve kan örneklerinden de izole edilebilmiştir ancak bu örnekler solunum örneklerinden daha az güvenilirdir. Üst solunum yolu örneklerinin semptomların başlangıcından itibaren birkaç gün içinde toplanması önerilmektedir (Loeffelholz and Tang 2020). Virüsün üst solunum yollarında ilk hafta sonunda, daha ağır vakalarda alt solunum yollarında 3 ve 4. haftaların sonunda pik yaptığı bildirilmiştir. (Loeffelholz and Tang 2020) RT -PCR testinin SARS-CoV2 dışında çapraz reaksiyonla başka bir virüsü tespit etmediği bilinmektedir ve bu nedenle özgünlüğü oldukça yüksek bir testtir. Duyarlılığı için kesin bir oran verilememekle birlikte ortalama %63-78 arasında değiştiği bildirilmiştir (Zitek 2020). Viral yükün az olması ya da yer değiştirmesi, yanlış örnekleme, erken ya da geç örnek alımı, testten önce antiviral kullanımı, transport hatası, ortamda PCR inhibitörlerinin varlığı, viral genetik mutasyon gibi nedenlerle yanlış negatiflikler sık görülmektedir. Testin negatif çıkması durumunda aralıklarla tekrarlanması testin duyarlılığını arttırmak için önerilmektedir (Loeffelholz and Tang 2020)(Zitek 2020)(Fang et al. 2020)(Hong et al. 2020). Hastaların klinik bulgularının RT-PCR sonuçlarıyla birlikte değerlendirilmesi büyük öneme sahiptir. Örneğin; pandeminin başladığı şehir olan Wuhan’da yapılan 4880 vakalık bir çalışmada RT-PCR’nin tanı yüzdesinin ateş bulgusu varlığında %19 oranında yükseldiği, ayrıca ileri yaş ve erkek vakalarda testin tanısal değerinin arttığı bildirilmiştir (Liu et al. 2020). Yine Çin’de yapılan 82 vakalık klinik bir gözlemde, bilgisayarlı tomografi (BT) ile birlikte değerlendirildiğinde RT-PCR’nin duyarlılığının %79’dan %94’e yükseldiği tespit edilmiş olup bu durum akciğer tutulumunun varlığının diğer klinik bulgular gibi RT-PCR’de yanlış negatiflik oranlarını düşürdüğünü göstermektedir (He et al. 2020). RT-PCR, kısıtlılıklara rağmen COVID-19 enfeksiyonlarının doğrulanmasında uygulanan altın standart bir yöntemdir (Loeffelholz and Tang 2020). Virüse ait RNA’nın hedeflenen bölgelerinde yer alan nükleotid dizilerinin amplifikasyonunun gerçek zamanlı olarak floresan boyalarla görünür hale gelmesini sağlar (Kubista et al. 2006). Hedef bölge olarak sıklıkla S (spike) ve N (nükleokapsit) genleri ve yapısal olmayan RdRp (RNA-dependent RNA polymerase) ve ORF 1a/b (replicase open reading frame) genleri evrimsel süreçte korunmuş, eksprese olan ve çapraz reaksiyona en az giren genler oldukları için kullanılmaktadırlar (Chan et al. 2015)(Lu et al. 2020). SARS-COV2’ye ait RdRp/Hel bölgesinin tanısal değeri RdRp-P2 bölgesiyle karşılaştırıldığında duyarlılığının ve özgünlüğünün daha yüksek olduğu saptanmıştır (Chan et al. 2020). Farklı test kitlerinde çeşitli sayıda farklı gen bölgeleri kullanılmakta ve bu gen bölgelerine uygun RT-PCR protokolleri uygulanmaktadır. Örnek eldesi ve taşınmasında uluslararası viral transport mediumları kullanılabileceği gibi kite özgü viral nükleik asit tamponları da kullanılabilmektedir. Alınan örnekler tercihen 4 ℃’de ve en kısa sürede laboratuvara ulaştırılmalıdır (Hong et al. 2020). PCR sonunda değerlendirilebilir hale gelen hedef genlerin eşik döngü değerinin (Threshold cycle/ Ct) sınır değerin altında olması viral nükleik asit varlığının göstergesi olup pozitif sonuç anlamına gelmektedir. Test ortalama birkaç saat içinde sonuçlanmaktadır (Hong et al. 2020). Reaktif reaksiyon koşulları, analiz edilen gen sayısı analizin hassasiyetini etkileyebilmektedir. PCR koşullarının laboratuvar tarafından optimizasyonu önemlidir. Klinik laboratuvarın rutin çalışmada, onaylanmış negatif ve pozitif numuneleri kullanarak kalite kontrolü yapması gereklidir (H. Wang et al. 2020). Tüm bunların dışında testi yapılan patojen, bir RNA virüsüdür ve RNA, stabilitesi düşük, hücre yıkımından sonra birçok enzim tarafından kolayca yıkılabilen, kontaminasyon riski yüksek bir moleküldür. Ayrıca RNA virüslerinin mutasyona yatkınlığının yüksek oranda olduğu da bilinmektedir. Dolayısıyla; testin özgünlüğünü yüksek oranda etkileyebilecek bir diğer neden de test çalışmasının bir RNA virüsü üzerinde yapılmasıdır (H. Wang et al. 2020). Sonuç olarak; real-Time PCR, COVID19 tanısında ilk başvurulan test olmasına rağmen, yanlış negatiflik oranları nedeniyle izolasyon ve tedavi kararı verilirken tek başına değerlendirilmemelidir. Hasta multidisipliner bir yaklaşımla ele alınmalı; klinik bulgular, akciğer BT vb. diğer tüm verilerle birlikte değerlendirilmelidir (Tahamtan and Ardebili 2020). 

Dizi Analizi: 

    Virüs genomu 26-32 kb arasında değişmekte olup, 14 ORFs (open reading frames) bölgesi içermektedir ve 26 protein kodlamaktadır. Spike yüzey glikoproteini (S), zarf proteini (E), matriks proteini (M), nukleokapsid proteini (N) temel proteinleridir (H. Wang et al. 2020). Virüse ait genom bilgisinin dizilenmesi ile daha önce bilinen SARS-CoV (%79) ve MERS-CoV (%50) benzerliği ortaya konmuştur. SARS-CoV2’nin ORF1a ve S genindeki farklılıklar dışında SARS-CoV’a yüksek oranda homoloji gösterdiği görülmüştür. Filogenetik çalışmalarda değerlendirilen RNA dizisi virüsün Beta-coronavirüs ailesine ait olduğu bildirilmiştir.(Xu et al. 2020) Böylelikle virüsün kaynağı, evrimi, kullandığı mekanizmalar, bulaş yolları, tedavi gibi birçok bilgi hakkında öngörüde bulunulabilmiştir. Spike proteinini kodlayan S genindeki benzerlik ve farklılıklar virusun insan ACE2 reseptörlerine bağlanması ve insandan insana bulaşı hakkında önemli ipuçları vermiştir. SARS-CoV2’nin atasının yarasa korona virüsü HKU9-1 (%87) olduğu tespit edilmiştir.(Xu et al. 2020)(H. Wang et al. 2020) Elde edilen dizinin protein modelleme çalışmaları yapılarak S proteinin ACE2 reseptörlerine yüksek oranda afinite gösterdiği bildirilmiştir.(Xu et al. 2020) İnsandan insana bulaşma dinamikleri, bağışıklık yanıtı, viral replikasyon hızı ve virüs mutasyon hızı gibi verilerin eldesi virüs genomunun tespiti ile sağlanmıştır (Xu et al. 2020)(H. Wang et al. 2020). Yapılan başka bir çalışmada dünyanın farklı ülkelerinden elde edilen 10 adet SARS-CoV2 dizisi karşılaştırılmış; M ve N proteinlerini kodlayan dizilerde herhangi bir farklılık gözlenmemiştir. S protein dizisinde iki aminoasit varyantı, bir örnekte ise E proteininde bir adet mutasyon, ORF1ab ve ORF8 bölgelerinde ise iki olası SNP (single nükleotid polimorfizm) saptanmıştır.(Chang et al. 2020) Virüsün RNA dizisine ait benzeri çalışmalar, pandeminin seyri, hastalığın profilaksisi ve tedavisi açısından oldukça değerlidir (Chang et al. 2020). SARS-CoV2’nin genom dizilenmesi virüse karşı geliştirilebilecek aşı teknolojilerinin de önünü açmıştır. Özellikle DNA ve mRNA üzerinde diğer viral patojenlerle ilgili yapılmış aşı çalışmaları SARS-CoV2 çalışmalarının önünü açmıştır.(Prompetchara, Ketloy, and Palaga 2020) ACE-Fc proteinin dizisinin tedavi için yapılacak çalışmalarda aday gen olduğu bildirilmiştir (Prompetchara et al. 2020) (Schweickert et al. 2009)(Kruse 2020).

DÜNYA PANDEMİ YAŞIYOR

COVİD19, Coronavirüs, Genetik Testi, Real Time PCR

    Corona virüs pandemisi multidisipliner çalışmayı gerektiren tıbbi bir acildir. Tüm yoğun bakım üniteleri, yataklı servisler, radyolojik görüntüleme, laboratuvarlar ortak bir payda içinde hastalara hizmet vermek durumundadırlar. Bu disiplinlerin bir kolu virüsün kişideki varlığının direkt ya da dolaylı yollarla tespit eden laboratuvar testleridir. Bu testler, dolaylı yollardan vücudumuzun virüse karşı ürettiği antikorların saptanması şeklinde olabileceği gibi, direkt olarak virüse ait antijen ya da genetik materyalin tespiti ile de mümkündür. COVID19 için en çok uygulanan testler virüsün RNA'sının tespiti için yapılan genetik testlerdir. Real Time PCR yöntemi ile COVID19'a ait RNA'nın değişmeyen sabit bölgeleri floresan ışıklı boyalarla görünür hale getirilir. Bu işlem COVID19'a ait bu bölgelerin anahtar-kilit sistemi ile tespit edilip qPCR dediğimiz revers transkripsiyon ile çoğaltılması temeline dayanır. Virüse ait bölgeler çoğaltıldıkça floresan ışımaları kapiller elektroforez ile okunur hale gelir. Real time PCR tabanlı çeşitli programlarla bu ifadeler yorumlanabilir istatistiki ve logaritmik birimler halini alır. Biz eğer COVID19'a ait RNA bölgelerini hata payı en az olacak şekilde görebiliyor isek çalışılan numune COVID19 açısından Pozitif'tir. Diğer bir ifadeyle numunenin ait olduğu kişide COVID19 saptanmıştır. Virüsün tutunup çoğaldığı bölgeler solunum yolları olduğundan test; orofarinks, nazofarinks, bronkoalveolar lavaj ve balgam gibi solunum yolu örneklerinden çalışılır. Klinik açıdan hasta COVID19 ile uyumluysa test sonucunun pozitif çıkması beklenir. Ancak testin sensitivitesinin hassas, virüs yüküne bağlı olması ve hastalığın seyri boyunca farklı dokularda yer alma eğiliminin olması nedeniyle sonuç negatif çıkabilir. Bu durumda hasta yakından takip edilerek testin belli aralıklarla tekrarlanması gerekir. Hastaya bu süre içinde COVID19 pozitif olarak davranmak gerekir. Aşağıda RT-PCR ile elde ettiğimiz COVID19 pozitif ve negatif test sonuçları yer almaktadır. Yeşil ile ifade edilen eğri insan epitel hücrelerine ait genetik bölgeyi turuncu ve mavi ile ifade edilen eğriler ise COVİD19'u temsil eden RNA bölgelerini ifade etmektedir. 

COVID19 NEGATİF

COVID19 POZİTİF

Coronavirüs Genetiği, Korunma

Sars-Corona Virüsü (SARS-CoV): 

     Nidovirales takımı, Coronaviridae familyası, Coronavirinae alt familyası ve Coronavirus cinsine ait olan virüs, zarflı ve tek sarmallı RNA’ya sahiptir. Korona virüsler pek çok hayvanda ciddi hastalıklara neden olabilen virüslerdir; hayvanlardan insanlara da bulaşmakta ve ciddi hastalıklara yol açmaktadır.
Korona virüslerin genetik dizilim farklılıklarına göre farklı tipleri mevcuttur. Grup 1 ve grup 2 korona virüsler memelileri enfekte ederler. İnsanlarda üst solunum yolu hastalıklarının %30’undan sorumlu olan korona virüsler, grup 1 (HCoV-229E) ve grup 2 (HCoV-OC43) olmak üzere iki grupta incelenir. Bunlar dışında HCoV-NL63 ve HKU1 olarak adlandırılan 2 farklı korona virüsün de insanlarda hastalık oluşturduğu bilinmektedir. Coronavirinae alt familyası, Alfa, Beta, Gamma ve Delta korona virüsleri olarak 4 gruptur, insan korona virüsleri Alfa ve Beta korona virüs cinsi içerisinde yer alır.

     SARS-CoV’un %10’luk genel bir mortalite oranı, 65 yaşın üzerindeki kişilerde ise %50’ye yaklaşan mortalite oranı mevcuttur. Salgınları ciddiye alınması gereken önemli bir sağlık sorunudur. SARS-CoV çoğunlukla hayvanlarda hastalık oluşturur. İnsanlarda görülen SARS-CoV’un yarasalardan köken aldığı ve tesadüfen insanlara bulaştığı tahmin edilmektedir. Özellik itibariyle nezle virüslerine benzeyen bu virüs oldukça dayanıklı ve bulaşıcıdır. İnsanlar arasında solunum yoluyla, vücut sıvıları ya da dışkı ile temas sonucu yayılmaktadır. Enfeksiyonların yaklaşık %20’sinin sağlık çalışanlarındadır. Korunma yollarını ciddiye almak büyük önem arz etmektedir. 

     SARS-CoV insan ve hayvanlarda hücre yüzeyindeki ACE-2 reseptörlerine bağlanarak hücre içine giriş yapmaktadır. Tedavi ve aşıda bu reseptör üzerine yapılacak araştırmalar etkili olabilir.

     Virüs enfekte hücrede insan bağışıklık siteminden kaçar, fazlasıyla çoğalarak hücrelere zarar verir.Buradaki önemli nokta, Coronavirus bazı insanlarda belli belirsiz bulgu verirken bazılarında da ciddi ölümcül bir seyir gösterebilmektedir. Bunun nedeni yine büyük ölçüde kişinin genetik alt yapısıyla ilgilidir. 

     2019-2020 yıllarında dünyada pandemi şeklinde görülen ismi COVID-19, (2019 novel coronavirus disease), SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus) (2019-nCoV) şeklindedir. Virus ACE-2 enzimini bloke ederek anjiyotensin 2'den akciğer koruyucu protein olan anjiyotensin 1-7 üretimini durdurur. Böylelikle akciğer hasarına yol açar. Akciğer hasarının miktarı kişinin anjiotensin2/1-7 yolağındaki pretinleri kodlayan genlerin polimorfizmlerine göre değişir. Yani kişinin genetik yapısı önemlidir.

Corona Virüsün Etki Mekanizması

Belirtiler ve Teşhis: 

Hastalık belirtileri yüksek ateş, titreme, boğaz yanması, öksürük, kas ağrısı, pnömoni, ishal, zor nefes alma şeklindedir. İlerleyen dönemlerde akciğer tutulumu, trombositopeni görülür. Hastalık bazı insanlarda bulgusuz seyredebileceği gibi çocuk, yaşlılarda veya diyabetik kişilerde ağır ve öldürücü olabilmektedir. SARS-COV’un teşhisi için korona virüslere özgül ORF 1b veya nükleoprotein geni hedef alınarak yapılan PCR testleri, monoklonal antikorlara karşı antijen testleri ve poliklonal antikorların floresan boyalarla gösterilmesi amacıyla yapılan çeşitli serolojik ve immünofloresan testler laboratuvarda teşhis için kullanılır. 

Tedavi Korunma:

 Kullanılan nükleozid analoğu ribavirin ise, DNA ve RNA virüslerine karşı antiviral aktiviteye sahip bir ajandır. Virüsün çoğalmasını önler. Diğer yöntem ise proteaz inhibitörüdür. Ayrıca hastanın hidrasyonunun sağlanması çok önemlidir. Tüm bu tedavilerin etkinliği kısıtlı olup, hastalığın iyileşmesi kişinin bağışıklık sistemine bağlıdır. Aşı çalışmaları ise devam etmektedir. Bu virüsler genetiklerini sürekli kolaylıkla değiştirdiklerinden, üretilen aşılar da sürekli yenilenir.
Dünya Sağlık Örgütü (WHO: World Health Organization) Korunma Önerileri:1.Eller düzenli olarak yıkanmalı
2.SARS hastasıyla aynı ortamda burun ve ağzı kapatmak için cerrahi maske kullanılmalı
3.Enfekte olmuş bir kişinin vücut sıvıları veya dışkıları ile teması öncesi tek kullanımlık eldivenler kullanılmalı
4.SARS hastası olan kişilerin kişisel eşyaları kullanılmamalı
5.Şüpheli tüm vakalar izole edilmeli
6.Personel koruyucu ekipman giyinmeli
7.Hasta tamamen iyileşse bile tüm enfeksiyon kontrol önlemleri en az on gün takip edilmeli
     

     Buradaki en önemli nokta düzenli beslenme, uyku, yeterli sıvı alımı kişisel hijyene özen göstererek kendi bağışıklık sistemimizi koruyarak hastalığa yakalanmamaktır. En önemli diğer nokta ise ellerimizi düzenli yıkamamızdır.