Babalık testi, DNA profillemesi (DNA parmak izi) ile yapılır. DNA profilleri, kişinin DNA'sına karşılık gelen şifrelenmiş DNA dizileridir, bunlar kişinin kimlik belirtecidir. Kişiye özgüdür. DNA dizilerinin %99,9'u her insanda aynıdır. %1’lik kısmı iki kişinin ayırt edilmesine yetecek kadar DNA farklılığı gösterir. DNA profillemesinde, kişiden kişiye çok değişkenlik gösteren, genomda tekrar eden diziler kullanılır. Bu diziler STR (short tandem repeats) kısa tekrar dizileridir ve oldukça polimorfiktir. Yakın akrabalık ilişkisi olan kişilerde birbirlerine çok benzese de analiz edilen STR sayısı arttırılarak bu sorun da ortadan kaldırılır.
Baba ve çocuk adayından DNA elde etmek için örnek, yanak içinden sürüntü ile alınır. Bu yöntem kontaminasyon (kirlilik) oranını en aza indirir. Ancak kan ya da herhangi bir doku parçası da kullanılabilinir.
STR lokusları spesifik primerler kullanılarak PCR ile çoğaltılır. Elde edilen DNA parçaları sonra elektroforez ile ayrıştırılır ve okunabilinir hale getirilir.
STR bölgelerinde görülen polimorfizmlerin her biri toplumda %5-20 oranlarında oldukça yaygın görülür., Birden çok lokus değerlendirmeye alındığında bu polimorfizmlerin kombinasyonunun tek bir kişiye özgü olması, bu yöntemi kimlik tespitinde ayırdedici hale getirir. Ne kadar çok STR bölgesine bakılırsa test de o derece güvenilir olur.
Günümüzde genellikle STR bölgelerinin analizi için kapiller elektroforez yöntemi kullanılır. Kapiler elektroforezde, farklı uzunlukta ve işaretlenmiş STR’ların büyüklükleri belirlenir, polimorfik tekrar sayısı bulunur. Genellikle 13 lokus (genetik konum) yani STR bölgesi kullanılır. Bu STR’lardan biri babayı, diğeri anneyi temsil eder. Bu lokusların 13’ünün ismi D2S1338, D3S1358, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, TPOX, THO1, vWA, CSF1PO, ve AMXY şeklindedir. Bu lokuslar birbirlerinden bağımsız olarak bir araya gelirler. Bu STR’lar tek yumurta ikizlerinde aynıdır.
Yukarıdaki örnekte 13 STR içinde TPOX adlı STR'da anne-baba-çocuk karşılaştırılmıştır. Babalık testi için anne DNA'sına ihtiyaç yoktur ancak anlatımı kolaylaştırmak için anneye de yer verilmiştir. Çocuğun TPOX'a ait 2 adet alleli vardır. 19 tekrar sayılık alleli anneden, 20 tekrar sayılık alleli ise babadan almıştır. Diğer tüm STR'larında babayı temsil eden allel bulunmak zorundadır. Dünyadaki hiçbir test yüzde yüz sonuç vermez babalık testi olasılığa dayalı bir test olduğundan en yüksek oran %99.9'dur ki bu sonuç çocuğun babası olduğu anlamına gelir.
Babalık testi kamu hastanelerinde yapılmamaktadır. Kişi isterse özel laboratuvarlarda bu testi yaptırabilir. Ancak bu sonuç mahkemede kullanılamaz. Kişi özel laboratuvar dışında savcılık kararı ile de testi yaptırabilir. Etik açıdan sıkıntılı bir durum olduğundan böyle bir bilgi kamu hastanelerinde savcılık ve mahkeme kararı olmadan verilmemektedir.
