Gen Terapisi Nedir? Somatik ve Germline Tedavi Yöntemleri, CAR-T ve Yeni Nesil Uygulamalar

-
Resim
Gen Terapisi: Genetik Hastalıkların Geleceğe Taşınan Umudu Gen terapisi , mutasyona uğramış genlerin düzeltilmesi veya fonksiyonel genlerin ilgili dokuya aktarılması yoluyla hastalıkların tedavi edilmesini hedefleyen deneysel bir biyoteknolojik yaklaşımdır. 2024 itibarıyla bazı gen tedavileri klinik uygulamalara geçmiş olsa da, çoğu hâlâ araştırma ve klinik deneme aşamasındadır. Başta kistik fibroz, Duchenne müsküler distrofi, hemofili, talasemi ve orak hücre anemisi gibi monogenik (tek gen hastalığı) bozukluklar olmak üzere, kanser ve viral enfeksiyonlar gibi edinsel hastalıklar da gen tedavisinin hedefi haline gelmiştir. Gen Terapisinin Temel Yöntemleri Gen tedavisinde yaygın olarak kullanılan yöntemlerden biri, rekombinant DNA teknolojisi ile oluşturulmuş genetik materyalin, bir vektör aracılığıyla hedef hücrelere taşınmasıdır. Bu vektörler sıklıkla modifiye edilmiş adenovirüs , lentivirüs , AAV (adeno-associated virus) gibi viral taşıyıcılardır. Alternatif olarak, plazmidler,...
Yorum Gönder

Yeni Nesil Dizileme (NGS) ile Klinik Ekzom ve Tüm Ekzom Analizleri: Neyi, Ne Zaman, Nasıl Yapalım?

-

Yeni Nesil Dizileme (NGS) ile Klinik Ekzom ve Tüm Ekzom Analizleri: Neyi, Ne Zaman, Nasıl Yapalım?

Genetik tanı süreçlerinde devrim yaratan Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojisi, son yıllarda klinik pratiğe hızla entegre olmuştur. NGS ile artık binlerce gen aynı anda analiz edilebilmekte, klinik ekzom (CES) ve tüm ekzom (WES) gibi yöntemlerle hastalığa neden olabilecek genetik varyantlar yüksek doğrulukla saptanabilmektedir.

Ancak her klinik tablo için CES ya da WES yapmak uygun mudur? Hangi hasta gruplarında hangi analiz tercih edilmelidir? Bu yazıda, NGS teknolojisinin uygulama alanları, doğru endikasyonları ve dikkat edilmesi gereken noktalar bilimsel veriler eşliğinde ele alınmaktadır.

🔬 NGS Teknolojisi Nedir?

NGS (Next Generation Sequencing), DNA’nın paralel ve yüksek hızlı dizilenmesini sağlayan bir teknolojidir. Geleneksel yöntemlerle (Sanger) sadece tek gen analiz edilebilirken, NGS ile aynı anda:

  • Tüm gen paneli (targeted panels),

  • Klinik ekzom (CES),

  • Tüm ekzom (WES),

  • Tüm genom (WGS)

analiz edilebilir hale gelmiştir.

🧬 CES ve WES Arasındaki Fark Nedir?

ÖzellikKlinik Ekzom (CES)Tüm Ekzom (WES)
KapsamKlinik olarak hastalıkla ilişkilendirilmiş genler (~5.000–7.000 gen)İnsan genomundaki tüm protein kodlayan ekzonlar (~20.000 gen)
Veri hacmiDaha az veri, daha hızlı analizDaha fazla veri, daha fazla varyant
Klinik anlamHedefe yönelik sonuçlar, daha düşük VUS oranıDaha geniş analiz, yeni gen keşifleri
UygunlukKlinik şüpheye yönelik net tablo varsaŞüpheli veya kompleks fenotiplerde

👨‍⚕️ Ne Zaman CES, Ne Zaman WES Tercih Edilmeli?

Klinik Ekzom (CES) önerilir:

  • Tek gen veya sınırlı gen grubu şüphesi varsa (örn: epilepsi, nöromusküler hastalıklar)

  • Genetik heterojenitenin yüksek olduğu ama klinik şüphenin güçlü olduğu durumlarda

Tüm Ekzom (WES) önerilir:

  • Tanısı netleştirilemeyen multisistemik tablolar

  • Tekrarlayan tanı dışı durumlar

  • Ailesel ve konjenital malformasyonlar

Ek Not: CES ile tanı konulamayan durumlarda, veri genişletilerek WES analizi yapılabilir. Bu nedenle başlangıçta CES yapmak maliyet ve zaman açısından avantaj sağlar.

🧠 Hangi Hastalar NGS ile Değerlendirilmelidir?

  • Gelişimsel gerilik / nörogelişimsel bozukluklar

  • Konjenital anomaliler

  • Nadir hastalık şüphesi

  • Birden fazla sistem tutulumlu olgular

  • Genetik hastalık öyküsü olan aile bireyleri

Özellikle erken tanının tedavi sürecini değiştirdiği SMA, primer immün yetmezlikler, metabolik hastalıklar gibi durumlarda NGS testleri tanıda kritik rol oynar.

⚠️ NGS Analizlerinde Dikkat Edilmesi Gerekenler

  • Varyant yorumlama: ACMG kriterlerine göre yapılmalı, mutlaka klinik ile bütünleştirilmeli

  • VUS (önemi bilinmeyen varyant) sayısı CES’te daha az, WES’te daha fazladır

  • Trio analiz (anne-baba-çocuk birlikte) VUS yorumlamasında yol göstericidir

  • Raw data saklanmalı, gelecekte yeniden analiz yapılabilir

❓ WES’te Tanı Konulamazsa Ne Yapmalı? WES Şart mı?

Tüm ekzom analizi (WES), geniş kapsamlı bir tarama sunmasına rağmen her zaman tanı koydurucu değildir. Literatüre göre WES ile tanı koyma oranı ortalama %25–40 civarındadır. Geriye kalan hastalarda ya VUS bulunur ya da mevcut teknolojiyle yakalanamayan varyantlar söz konusudur.

Peki WES’te tanı konulamazsa ne yapılmalıdır?

Yeni Nesil Dizileme (NGS) ile Klinik Ekzom ve Tüm Ekzom Analizleri

🔍 Alternatifler ve Ek Yaklaşımlar:

  1. Raw Verinin Yeniden Yorumlanması:
    Genetik bilgi ve veri tabanları zamanla güncellendiği için 6–12 ay sonra aynı WES verisi yeni yazılımlarla tekrar analiz edilebilir.

  2. Trio Analizi (Anne–Baba–Çocuk):
    WES yalnızca hastaya yapılmışsa ve sonuçsuz kalmışsa, trio şeklinde yapılması tanı oranını önemli ölçüde artırır. De novo mutasyonların, kalıtım desenlerinin belirlenmesinde etkilidir.

  3. Panel Genişletme / CES'ten WES'e Geçiş:
    Başlangıçta CES yapılmışsa ve tanı konulamamışsa, veri genişletilerek tüm ekzoma geçilebilir. Böylece daha fazla gen analiz edilir.

  4. Tüm Genom Sekanslaması (WGS):
    Ekzom dışındaki (introni̇k, promotor, UTR gibi) bölgelerde varyant aramak için WGS tercih edilebilir. Ancak daha maliyetli ve veri yorumlaması daha zordur. Şimdilik araştırma düzeyinde kullanımı yaygındır.

  5. CNV ve Struktürel Varyant Analizi:
    WES analizlerinde küçük delesyon/duplikasyonlar yakalanabilirken, büyük kromozomal yeniden düzenlemeler gözden kaçabilir. Bu nedenle aCGH veya CNV analizleri de düşünülmelidir.

  6. Metabolik Testler ve Fonksiyonel Doğrulama:
    Bazı hastalıklar genetik testle değil, biyokimyasal/metabolik testlerle daha doğru değerlendirilir. WES sonrasında fonksiyonel doğrulama testleri planlanabilir.

✅ WES Şart mı? Her Hastaya Uygulanmalı mı?

Hayır, her hastaya WES yapmak gerekli ya da anlamlı değildir. Tanıya daha kolay ulaşılabilecek durumlarda önce:

  • Klinik ekzom (CES),

  • Hedefe yönelik gen paneli,

  • Ya da klinik şüpheye uygun tek gen analizi tercih edilmelidir.

WES, özellikle tanı konulamayan, kompleks fenotipli, çok sistemli tutulumu olan hastalarda ikinci veya üçüncü basamak olarak kullanılmalıdır.

📚 Güncel Kaynaklar

  • Richards S, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants. Genet Med. 2024 update.

  • ACMG Clinical Exome Recommendations. Updated 2024.

  • Posey JE, et al. Molecular diagnostic experience of whole-exome sequencing in a clinical setting. JAMA. 2024.

  • WHO – Genomic Diagnostics Framework. 2025.

Yorumlar

Yorum Gönder

Bu blogdaki popüler yayınlar

Amyotrofik Lateral Skleroz, ALS Genetik mi?

-
Resim
Amniyotrofik lateral skleroz (ALS), genetik olarak birçok genetik varyasyonun orantısız olarak katkısıyla karakterize karmaşık bir nörodejeneratif hastalıktır. Ailede ALS hastası bireyin varlığı aile bireyleri açısından riski arttırır. ALS olan bireyin birinci derece akrabalarında (anne-baba-kardeş-çocuk) risk daha fazladır. Toplu olarak, tanımlanan genetik risk faktörleri, ALS’nin ∼% 50-% 70'inden sorumludur. ALS poligenik multifaktöriyel bir hastalıktır. Tek başına anlamı olmayan birçok genetik varyant ve birçok çevresel faktör bir araya gelerek hastalık ortaya çıkar. Hastalığın küçük bir kısmı ise tek gen hastalığı şeklinde kalıtırlır. Yani bir gendeki patojenik tek bir mutasyon hastalığın ortaya çıkmasına neden olabilir. Sonraki kuşaklara keskin bir biçimde kalıtılır. ALS’nin ortalama %9 ‘unda SOD1 genindeki mutasyonlar sorumlu tutulmaktadır. ALS ile ilişkili genlerin çoğu alellik heterojenite gösterir. Her gen içindeki farklı mutasyonlar aynı klinik fenotipe neden olabili...
devamı »

Prematür Ovarian Yetmezlik, Erken Menopoz

-
Resim
Prematür Ovarian Yetmezlik (POY) ve Erken Menopoz: Genetik Nedenler           Prematür ovarian yetmezlik (POY) veya erken menopoz, kadınlarda yumurtalık fonksiyonlarının 40 yaşından önce kaybedilmesiyle ortaya çıkan önemli bir durumdur. Genetik faktörler, bu rahatsızlığın en yaygın nedenleri arasında yer alır. Turner sendromu, Frajil X sendromu ve diğer genetik faktörler POY'un gelişiminde kritik rol oynar. Erken Menopoz, Prematür Ovaryen Yetmazlik Turner Sendromu ve X Kromozomu Anomalileri Klasik Turner Sendromu Turner sendromu, POY'un en yaygın genetik nedenidir ve X kromozomunun tamamen eksik olduğu bir durumdur. Klasik Turner sendromunda yumurtalık rezervi tamamen tükenmiştir ve doğurganlık mümkün değildir. Mozaik Turner Sendromu Mozaik Turner sendromunda, X kromozomu eksikliği kısmi veya hücresel düzeyde farklılık gösterebilir. Bu bireyler adet görebilir ve çocuk sahibi olabilirler. Ancak doğum öncesi dönemde başlayan foliküler kayıplar nedeniyle erken...
devamı »

Spinal Müsküler Atrofi (SMA): Genetik Temeller, Klinik Bulgular ve Tedavi Seçenekleri

-
Resim
Spinal Müsküler Atrofi (SMA) Nedir?      Spinal Müsküler Atrofi (SMA), motor nöron hasarı nedeniyle kas zayıflığına ve kas kaybına yol açan, otozomal resesif geçiş gösteren nadir bir nöromüsküler hastalıktır. Hastalığın temelinde, SMN1 (Survival Motor Neuron 1) genindeki delesyon veya patojenik mutasyonlar yer almaktadır. SMN proteini , motor nöronların hayatta kalması için kritik rol oynar. Eksikliği durumunda omurilikteki motor nöronlar dejenerasyona uğrar, kaslar uyarılamaz ve atrofi gelişir.      SMA'nın görülme sıklığı yaklaşık 1/6.000 - 1/10.000 arasında değişiklik göstermektedir. Taşıyıcılık oranı ise 1/40 - 1/60 arasındadır. Hastalığın kliniği, bulguları ve seyri genetik altyapıya ve SMN2 gen kopya sayısına bağlı olarak değişiklik gösterebilir. SMA Spinal Musküler Atrofi SMA'nın Genetik Mekanizması      SMA, genetik olarak heterojen bir hastalık olup, SMN1 ve SMN2 genleri dışında da bazı genetik varyasyonlar ile ilişkilendirilmi...
devamı »