Popüler Genetik etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
Popüler Genetik etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster

13 Şubat 2020 Perşembe

Babalık Testi

Babalık testi, DNA profillemesi (DNA parmak izi) ile yapılır. DNA profilleri, kişinin DNA'sına karşılık gelen şifrelenmiş DNA dizileridir, bunlar kişinin kimlik belirtecidir. Kişiye özgüdür. DNA dizilerinin %99,9'u her insanda aynıdır. %1’lik kısmı iki kişinin ayırt edilmesine yetecek kadar DNA farklılığı gösterir. DNA profillemesinde, kişiden kişiye çok değişkenlik gösteren, genomda tekrar eden diziler kullanılır. Bu diziler STR (short tandem repeats) kısa tekrar dizileridir ve oldukça polimorfiktir. Yakın akrabalık ilişkisi olan kişilerde birbirlerine çok benzese de analiz edilen STR sayısı arttırılarak bu sorun da ortadan kaldırılır. 

Baba ve çocuk adayından DNA  elde etmek için örnek, yanak içinden sürüntü ile alınır. Bu yöntem kontaminasyon (kirlilik) oranını en aza indirir. Ancak kan ya da herhangi bir doku parçası da kullanılabilinir. 

STR lokusları spesifik primerler kullanılarak PCR ile çoğaltılır. Elde edilen DNA parçaları sonra elektroforez ile ayrıştırılır ve okunabilinir hale getirilir. 

STR bölgelerinde görülen polimorfizmlerin her biri toplumda %5-20 oranlarında oldukça yaygın görülür., Birden çok lokus değerlendirmeye alındığında bu polimorfizmlerin kombinasyonunun tek bir kişiye özgü olması, bu yöntemi kimlik tespitinde ayırdedici hale getirir. Ne kadar çok STR bölgesine bakılırsa test de o derece güvenilir olur.

Günümüzde genellikle STR bölgelerinin analizi için kapiller elektroforez yöntemi kullanılır. Kapiler elektroforezde, farklı uzunlukta ve işaretlenmiş STR’ların büyüklükleri belirlenir, polimorfik tekrar sayısı bulunur. Genellikle 13 lokus (genetik konum) yani STR bölgesi kullanılır. Bu STR’lardan biri babayı, diğeri anneyi temsil eder.  Bu lokusların 13’ünün ismi D2S1338, D3S1358, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51, D21S11, TPOX, THO1, vWA, CSF1PO, ve AMXY şeklindedir. Bu lokuslar birbirlerinden bağımsız olarak bir araya gelirler. Bu STR’lar tek yumurta ikizlerinde aynıdır.

 
      Yukarıdaki örnekte 13 STR içinde TPOX adlı STR'da anne-baba-çocuk karşılaştırılmıştır. Babalık testi için anne DNA'sına ihtiyaç yoktur ancak anlatımı kolaylaştırmak için anneye de yer verilmiştir. Çocuğun TPOX'a ait 2 adet alleli vardır. 19 tekrar sayılık alleli anneden, 20 tekrar sayılık alleli ise babadan almıştır. Diğer tüm STR'larında babayı temsil eden allel bulunmak zorundadır. Dünyadaki hiçbir test yüzde yüz sonuç vermez babalık testi olasılığa dayalı bir test olduğundan en yüksek oran %99.9'dur ki bu sonuç çocuğun babası olduğu anlamına gelir. 
        Babalık testi kamu hastanelerinde yapılmamaktadır. Kişi isterse özel laboratuvarlarda bu testi yaptırabilir. Ancak bu sonuç mahkemede kullanılamaz. Kişi özel laboratuvar dışında savcılık kararı ile de testi yaptırabilir. Etik açıdan sıkıntılı bir durum olduğundan böyle bir bilgi kamu hastanelerinde savcılık ve mahkeme kararı olmadan verilmemektedir.

12 Şubat 2020 Çarşamba

Diyabet Genetik mi?

Diyabetes mellitus insülin eksikliği ve/veya insülin etkisinin yetersizliği ile karakterize, kronik metabolik bir hastalıktır. Hiperglisemi önemli bulgusudur. 

Tip1 Diyabet çocukluk dönemine, Tip2 Diyabet erişkin döneme spesifiktir. Her iki tip diyabetin patofizyolojisinde de bireydeki genetik alt yapıya eşlik eden çevresel faktörler rol oynar. Yani diyabet de birçok diğer hastalık gibi poligenik multifaktöriyel özelliğe sahiptir. Aileden gelen genetik yatkınlığımız çevresel faktörlerle birleştiğinde hastalık ortaya çıkar. Tip 1 diyabette çevresel etkenler tip 2 diyabette ise poligenik kalıtım daha ağır basar. Ailemizde tip1 diyabet de tip 2 diyabet de mevcutsa, bizim tip 2 ye yakalanma riskimiz daha yüksektir. Tip 1 riskimiz de mevcuttur ancak tip 2 genetik alt yapısı ağır basan grup olduğundan tip 2 açısından daha riskliyiz anlamına gelir. Poligenik diabetler (tip1-2) üzerine yapılan genetik çalışmalarda bir takım yatkınlık gen ve varyantları tespit edilmiştir. Ancak tanı ve tedavi açısından tespit edilen varyantlar yeterli ve tek başlarına anlamlı değillerdir. TCF7L2 geni üzerindeki varyantların Tip2 riskini arttırdığına yönelip çalışmalar mevcuttur. INS, CTLA4, PTPN22, IL2RA, HLA genleri üzerindeki bir takım varyantlar da Tip1 olgularında sıklıkla görülmüştür. Poligenik diabetin görülmesini arttıran önemli risk faktörlerinden biri de akraba evliliğidir.

Diabet çok farklı şekillerde sınıflandırılmaktadır. MODY dediğimiz insülinden bağımsız monogenik kaltımı olan diabet grubu son yılların araştırma konusudur. MODY tek bir gendeki tek bir mutasyondan kaynaklanan genetik testlerle aile içinde hastalığın takip edilebildiği bir gruptur. MODY dışında ek bulgularla seyreden bazı genetik sendromlarda da diabet görülebilir. Monogenik kelıtımlı diabet türleri diabetes mellitusun %2-5’ini oluşturur. Hastaların tip 1 ve tip 2 DM olarak yanlış tanı alabildiği monogenik diyabette, tedavinin altta yatan genetik etiyolojiye göre değişiyor olması, seyrek görülen hastalığın klinik önemini arttırır. 

Monogenik diyabette mutasyon saptanan genler, pankreasın embriyolojik gelişimi, beta hücre farklılaşması, insülin sentezi ve salınımı ile ilgili yolaklarda görevlidir. Aşağıda monogenik diabet tipleri, genleri, kalıtımı ve bazı genetik özelliklerine ait tablo yer almaktadır.

Diabet Türü

Gen

Kalıtım

Klinik

MODY1

HNF4A

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’ini oluşturur. YD döneminde makrozomi hipoglisemi, adölesan dönemde hiperglisemi görülür.

MODY2

GCK

Otozomal Resesif

MODY’nin %20-30’unu oluşturur. Ilımlı hiperglisemi görülür.

MODY3

HNF1A

Otozomal Resesif

MODY’nin %50-60’ını oluşturur. On yaşından sonra klinik görülür. Glikozüri önemli bulgusudur.

MODY4

PDX1

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Erişkin dönemde bulgu verir.

MODY5

HNF1B

Otozomal Resesif

MODY’nin %5’ini oluşturur. Erişkin dönemde bulgu verir. Renal kistler, ailesel glomerulo-kistik böbrek hastalığı, atipik ailesel hiperürisemik nefropati, tek böbrek, atnalı böbrek, genital malformasyonlar, karaciğer fonksiyon bozuklukları, ekzokrin pankeas yetmezliği gibi bulgular da görülebilir. Tedavi de insüline ihtiyaç duyulur.

MODY6

NEUROD1

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Obezite eşlik eder. Homozigot mutasyonlar neonatal kalıcı diyabetes mellitus, serebellar hipoplazi, öğrenme güçlüğü, ciddi sensörionöral işitme kaybı, ciddi miyopi ve retinal distrofi ile seyreder.

MODY7

KLF11

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Bulgular erişkin dönemde görülür.

MODY8

CEL

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını  oluşturur. Ekzokrin pankreas yetmezliği ve lipomatozis gözlenir.

MODY9

PAX4

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Ketoasidoza yatkınlık yaratan diyabet ile karakterizedir.

MODY10

INS

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Klinik çok değişkendir.

MODY11

BLK

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Obezite eşlik eder. Tip2 diabetle karışır.

MODY12

ABCC8

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Klinik bulgular HNF1A-MODY’e benzer ve sülfonilüre grubu ilaçlara yanıt çok iyidir.

MODY13

KCNJ11

Otozomal Resesif

MODY’nin %1’inden azını oluşturur. Klinik yaş aralığı çok geniştir.

Geçici Neonatal DM

PLAGL1

Otozomal Dominant

Neonatal diyabetlerin %60’ını oluşturur. Postnatal birinci haftada başlayan semptomlar çoğunlukla 12. haftaya kadar kendiliğinden düzelir. Umbilikal herni, büyük dil gibi bulgular görülebilir. Pubertal dönemde hastaların %50-60’ında kalıcı diyabet gelişir.

ZFP57

Otozomal Dominant

HYMAI

Otozomal Dominant

ABCC8

Otozomal Dominant

KCNJ11

Otozomal Dominant

Kalıcı Neonatal DM

ABCC8

Otozomal Dominant

Neonatal diyabetlerin %40’ını oluşturur. Postnatal beşinci haftada ya da yaşamın ilk altı ayı içinde herhangi bir dönemde de başlar. Hastaların doğum ağırlıkları intrauterin büyüme hormonu olarak görev yapan insülin eksikliğine bağlı olarak genellikle düşüktür.

Ek bulgu olarak epilepsi, gelişim geriliği görülebilir.

KCNJ11

Otozomal Dominant

INS

Otozomal Resesif

PDX1

Otozomal Resesif

EIF2AK

Otozomal Resesif

RFX6

Otozomal Resesif

PAX6

Otozomal Resesif

GCK

Otozomal Resesif

EIR3IP1

Otozomal Resesif

NGN3

Otozomal Resesif

NEUROD1

Otozomal Resesif

MNX1

Otozomal Resesif

MELAS

Mitokondriyal

Otozomal Resesif

Semptomlar 30-50 yaşlarında ortaya çıkar. Hastaların %70’inde sensörionöral işitme kaybı mevcuttur. Bazı hastalarda MELAS sendromuna (mitokondriyal ensefalomiyopati, laktik asidoz, inme-stroke benzeri epizodlar) neden olurken, diğerlerinde geç başlangıçlı diyabet ile bulgu verebilir.

Wolfram Sendromu

WFS1

Otozomal Resesif

Diyabetes mellitus, diyabetes insipitus, optik atrofi ve işitme kaybı ile karakterizedir

CISD2

Otozomal Resesif

Parsiyel Lipodistrofi

PPARG

Otozomal Resesif

Zayıf ve kaslı vücut görünümü, ciddi hipertrigliseridemi, hiperglisemi ve akantozis nigrikans ile seyreder. Ekstremite ve gluteal bölgede yağ dokusu kaybı gözlenirken, yüzde ve nukal bölgede artmış yağ depolanması saptanır.

LMNA

Otozomal Resesif

Jeneralize Lipodistrofi

BSCL2

Otozomal Resesif

Semptomlar doğumla başlar. Hastalarda yağ dokusunun jeneralize kaybı gözlenir. Dislipidemi, akantozis nigrikans, hirsutizm görülür.

AGPAT2

Otozomal Resesif

Tip A İnsülin Direnci

INSR

Otozomal Dominant

Kadınlarda obezite olmaksızın hirşütizm, hiperandrojenizm, polikistik overler ve diyabet ile Erkeklerde ise yirmi yaşından sonra başlayan tip 2 DM benzeri bir klinikle bulgu verir.

Rabson Mendelhall Sendromu

INSR

Otozomal Resesif

Ciddi insülin direnci ile birlikte büyüme geriliği, subkütanöz yağ dokusunda azalma, kas atrofisi, dental anomaliler, hirşutizm, polikistik overler, pineal hiperplazi görülebilir. Hipertelorizm, kısa burun, büyük ve düşük yerleşimli kulaklar gibi  dismorfik bulgular mevcuttur.

Donohue Sendromu

INSR

Otozomal Resesif

İntrauterin büyüme geriliği, akantozis nigrikans, açlık hipoglisemisi, postprandiyal hiperglisemi ve ciddi insülin direnci ile karakterizedir. Kalın dudaklar, düşük kulaklar, belirgin gözler hastalıkta görülen dismorfik bulgulardır. Prognoz kötüdür, hastalar bir yaşına kadar kaybedilir.

Diyabet Genetik mi?

Coronavirüs Genetiği, Korunma

Sars-Corona Virüsü (SARS-CoV): 

     Nidovirales takımı, Coronaviridae familyası, Coronavirinae alt familyası ve Coronavirus cinsine ait olan virüs, zarflı ve tek sarmallı RNA’ya sahiptir. Korona virüsler pek çok hayvanda ciddi hastalıklara neden olabilen virüslerdir; hayvanlardan insanlara da bulaşmakta ve ciddi hastalıklara yol açmaktadır.
Korona virüslerin genetik dizilim farklılıklarına göre farklı tipleri mevcuttur. Grup 1 ve grup 2 korona virüsler memelileri enfekte ederler. İnsanlarda üst solunum yolu hastalıklarının %30’undan sorumlu olan korona virüsler, grup 1 (HCoV-229E) ve grup 2 (HCoV-OC43) olmak üzere iki grupta incelenir. Bunlar dışında HCoV-NL63 ve HKU1 olarak adlandırılan 2 farklı korona virüsün de insanlarda hastalık oluşturduğu bilinmektedir. Coronavirinae alt familyası, Alfa, Beta, Gamma ve Delta korona virüsleri olarak 4 gruptur, insan korona virüsleri Alfa ve Beta korona virüs cinsi içerisinde yer alır.


     SARS-CoV’un %10’luk genel bir mortalite oranı, 65 yaşın üzerindeki kişilerde ise %50’ye yaklaşan mortalite oranı mevcuttur. Salgınları ciddiye alınması gereken önemli bir sağlık sorunudur. SARS-CoV çoğunlukla hayvanlarda hastalık oluşturur. İnsanlarda görülen SARS-CoV’un yarasalardan köken aldığı ve tesadüfen insanlara bulaştığı tahmin edilmektedir. Özellik itibariyle nezle virüslerine benzeyen bu virüs oldukça dayanıklı ve bulaşıcıdır. İnsanlar arasında solunum yoluyla, vücut sıvıları ya da dışkı ile temas sonucu yayılmaktadır. Enfeksiyonların yaklaşık %20’sinin sağlık çalışanlarındadır. Korunma yollarını ciddiye almak büyük önem arz etmektedir. 


     SARS-CoV insan ve hayvanlarda hücre yüzeyindeki ACE-2 reseptörlerine bağlanarak hücre içine giriş yapmaktadır. Tedavi ve aşıda bu reseptör üzerine yapılacak araştırmalar etkili olabilir.


     Virüs enfekte hücrede insan bağışıklık siteminden kaçar, fazlasıyla çoğalarak hücrelere zarar verir.Buradaki önemli nokta, Coronavirus bazı insanlarda belli belirsiz bulgu verirken bazılarında da ciddi ölümcül bir seyir gösterebilmektedir. Bunun nedeni yine büyük ölçüde kişinin genetik alt yapısıyla ilgilidir. 

     2019-2020 yıllarında dünyada pandemi şeklinde görülen ismi COVID-19, (2019 novel coronavirus disease), SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus) (2019-nCoV) şeklindedir. Virus ACE-2 enzimini bloke ederek anjiyotensin 2'den akciğer koruyucu protein olan anjiyotensin 1-7 üretimini durdurur. Böylelikle akciğer hasarına yol açar. Akciğer hasarının miktarı kişinin anjiotensin2/1-7 yolağındaki pretinleri kodlayan genlerin polimorfizmlerine göre değişir. Yani kişinin genetik yapısı önemlidir.

Corona Virüsün Etki Mekanizması



Belirtiler ve Teşhis: 

Hastalık belirtileri yüksek ateş, titreme, boğaz yanması, öksürük, kas ağrısı, pnömoni, ishal, zor nefes alma şeklindedir. İlerleyen dönemlerde akciğer tutulumu, trombositopeni görülür. Hastalık bazı insanlarda bulgusuz seyredebileceği gibi çocuk, yaşlılarda veya diyabetik kişilerde ağır ve öldürücü olabilmektedir. SARS-COV’un teşhisi için korona virüslere özgül ORF 1b veya nükleoprotein geni hedef alınarak yapılan PCR testleri, monoklonal antikorlara karşı antijen testleri ve poliklonal antikorların floresan boyalarla gösterilmesi amacıyla yapılan çeşitli serolojik ve immünofloresan testler laboratuvarda teşhis için kullanılır. 


Tedavi Korunma:

 Kullanılan nükleozid analoğu ribavirin ise, DNA ve RNA virüslerine karşı antiviral aktiviteye sahip bir ajandır. Virüsün çoğalmasını önler. Diğer yöntem ise proteaz inhibitörüdür. Ayrıca hastanın hidrasyonunun sağlanması çok önemlidir. Tüm bu tedavilerin etkinliği kısıtlı olup, hastalığın iyileşmesi kişinin bağışıklık sistemine bağlıdır. Aşı çalışmaları ise devam etmektedir. Bu virüsler genetiklerini sürekli kolaylıkla değiştirdiklerinden, üretilen aşılar da sürekli yenilenir.
Dünya Sağlık Örgütü (WHO: World Health Organization) Korunma Önerileri:1.Eller düzenli olarak yıkanmalı
2.SARS hastasıyla aynı ortamda burun ve ağzı kapatmak için cerrahi maske kullanılmalı
3.Enfekte olmuş bir kişinin vücut sıvıları veya dışkıları ile teması öncesi tek kullanımlık eldivenler kullanılmalı
4.SARS hastası olan kişilerin kişisel eşyaları kullanılmamalı
5.Şüpheli tüm vakalar izole edilmeli
6.Personel koruyucu ekipman giyinmeli
7.Hasta tamamen iyileşse bile tüm enfeksiyon kontrol önlemleri en az on gün takip edilmeli
     

     Buradaki en önemli nokta düzenli beslenme, uyku, yeterli sıvı alımı kişisel hijyene özen göstererek kendi bağışıklık sistemimizi koruyarak hastalığa yakalanmamaktır. En önemli diğer nokta ise ellerimizi düzenli yıkamamızdır.


COVID19 Yatkınlık Testi, IRF7, TLR3